Инновационная  деятельность  воплощает  в  себе  интегративные и ассоциативные  черты  экономического  пространства,  поскольку ее реализация предполагает взаимодействие новаторов, инноваторов и государства, встроенное в инновационный цикл. В статье рассматриваются теоретико-методические аспекты пространственного развития инновационной сферы российской экономики в макрорегиональном и региональном разрезе. Акцентировано внимание на отличительных особенностях пространственного подхода к экономическим исследованиям. Для обоснования структурных и динамических тенденций в инновационном пространстве федеральных округов применены традиционные свойства, характерные для экономического пространства: плотность, структура, концентрированность, конвергентность и связанность. Аналитические расчеты подтвердили высокую степень дифференциации развития макрорегионов и регионов по всем ключевым показателям инновационной деятельности. Основной вывод заключается в  том, что сложившиеся за последнее десятилетие тенденции пространственной неравномерности инновационного развития территорий имеют устойчивый характер, обусловленный государственной научно-технической политикой и бюджетными возможностями. Учитывая международный опыт, к одному из эффективных способов преодоления разрывов во взаимодействии основных участников инновационного процесса и выравнивания пространственной  неоднородности регионов следует отнести развитие национальных инновационных сетей.